Si entiendo bien, aparentemente el formato Matroska (.mkv) permite crear ficheros que combinan varios vídeos pudiendo saltar entre ellos en puntos arbitrarios:

https://mod16.org/hurfdurf/?p=8

Hace tiempo que tengo unos vídeos con un trozo "incorrecto" y que tengo el trozo "correcto" por separado. A ver si encuentro un ratillo...