Sí he encontrado maneras de inyectarle una tecla a una aplicación. Con lo que en teoría sería posible... para aplicaciones de escritorio.

Si la videoconferencia está dentro del navegador la cosa se complica un poco. No he encontrado estándares web para detectar teclas globalmente (que tampoco funcionarían en Wayland). Sí he visto que una PWA puede registrar atajos, aunque no he visto nada que lo use, y supongo que dispararlas con una tecla sería complicado.

Lo que sí se puede hacer es una extensión de navegador que manipule la aplicación de videoconferencia. De hecho hay un par por ahí asociadas a gente que te vende dispositivos para controlar el mute (porque no seré el único pirado que quiere esto).

O sea, que con tiempo y esfuerzo se puede hacer funcionar pero como siempre hay que preguntarse si vale la pena.