En el entorno gráfico de Linux clásico (X11), la seguridad no existe y cualquier aplicación puede detectar cualquier pulsación. Pero X11 es inseguro y entramos en la era Wayland con una muy criticada, pero creo que necesaria, seguridad.
Y desde hace poco, una aplicación puede registrar un atajo y pedir al entorno de escritorio que el usuario le asigne una tecla. Pero no he encontrado aplicación que haga esto todavía, y la demo que he encontrado estaba algo rota.